公平競爭審查和合法性審核都是規范行政行為的重要制度。二者聯系密切，但也存在明顯區別。

聯系主要體現在：一是均為事前審查，即在政策措施出臺前履行審查或者審核程序，防止出現排除、限制競爭或者違法的問題；二是均為自我審查，即由政策制定機關自行審查，只不過從政策制定機關內部看，公平競爭審查更多由起草機構分別審查，合法性審核更多由法制機構集中審核；三是均旨在規范行政行為，防止行政機關作出不當行政行為侵害行政相對人的合法權益。

區別主要體現在：一是審查目的不同。合法性審核的目的是防止相關政策措施違反上位法的規定以及相關立法程序；公平競爭審查的目的是防止相關政策措施排除、限制市場競爭。二是審查依據不同。合法性審查的依據較為廣泛，所有的法律法規均為合法性審核的依據；公平競爭審查的依據既包括《意見》《實施細則》等政策文件，也包括《反壟斷法》《價格法》等相關法律法規。三是審查原則不同。合法性審核主要遵循合法性原則，分析相關政策措施是否存在與上位法規定不符的問題；公平竟爭審查堅持合法性原則與合理性原則并重，既要分析相關規定是否具有法律法規依據，也要分析在排除、限制競爭的情況下是否具有充分的合理性。

由于二者存在明顯區別，政策制定機關在執行中不應將公平競爭審查與合法性審核相互替代。實踐中，一些政策制定機關完全將公平競爭審查納入合法性審核，沒有體現出公平競爭審查的任何痕跡，影響了公平竟爭審查作用的充分發揮。因此，各級政策制定機關在貫徹落實公平競爭審查制度的過程中，應當把握好公平竟爭審查與合法性審核的關系建立健全相對獨立、運行高效、監督有力的內部審查機制，嚴格遵循基本流程開展審查，確保公平競爭審查制度取得實實在在的效果。